歐盟商標注冊程序采用的是審查程序，主要由以下3部分組成：
首先是申請的審查，包括是否有一致的申請日期，形式審查及是否有絕對駁回問題。這時，建立查詢報告。第二是公告；第三是獲準注冊（包含異議審定程序階段。）
程序的第一步開始于受理申請，申請要么被OHIM直接受理，要么通過各個國家工業產權局，并且包括：
- 審查申請日期是否一致，申請指定商標或服務的類別的審查；
- 發送此商品或服務單到歐盟翻譯中心（盧森堡）；
- 建立歐盟商標查詢報告，發送此申請到成員國工業產權局，在各成員國注冊中查詢，發送所有的報告給申請人或其代理人 ；
- 是否有絕對駁回的理由的審查；
- OHIM不會對駁回的相對理由進行審查。此審查只會因第三方提起異議或歐共體商標獲準注冊后的撤銷申請而進行；
程序的第二步是歐盟商標注冊申請的公告，這表明OHIM已同意該商標注冊。
第三步程序中有在先權利的第三方提起異議。異議須在歐盟商標申請公告之日起3個月內提交。如果異議裁定申請人勝訴，或異議期間無異議提交，那么此歐盟商標申請將被獲準。
復審構成一個特別的程序階段。復審可以在上述審查過程中提出以反對審查意見、異議及商標管理和法律部門的裁定。對于一方，對非終局的裁定可以提出復審，除非終局裁定允許另外提出復審。復審委員會負責復審申請的裁定。